菌落总数就是指在一定条件下（如需氧情况、营养条件、pH、培养温度和时间等）每克（每毫升）检样所生长出来的细菌菌落总数。菌落总数的测定主要是作为判定食品被细菌污染程度的标志，也可以应用这一方法观察食品中细菌的性质以及细菌在食品中繁殖的动态，以便对被检样品进行卫生学评价时提供科学依据。目前，菌落计数一般采用的是平板菌落计数法，是种统计物品含菌数的有效方法。
在常规的微生物学实验中，不管是食品卫生细菌学检测，还是药品微生物限度检查，还是研究活性物质的抑菌性能实验，都常常需要对样品中的微生物进行定量或者浓度计算；众多微生物定量方法中常用的就是对培养后的皮氏培养皿上所生长菌落进行总数统计的菌落总数统计定量方法。
全自动菌落计数系统由图像采集系统和菌落统计分析软件构成，具有菌落统计、典型菌筛选、菌株特征检测与描述等功能，适用于生物医药、检验检疫、疾病控制、质量监督、环境监测、食品卫生，以及大专院校、研究院所等领域中的微生物菌落分析和科学研究。
快速菌落统计：
1.单一颜色快速统计：对单色菌落、多色菌落、小菌落、大菌落、颜色菌落和蔓延菌进行快速统计。
2.微小菌统计：适应于微小菌落的统计。
3.特大菌统计：区域内大菌落的快速统计，该算法偏重于大菌落统计。
4.与背景色相似菌统计：区域内菌落与培养皿背景颜色相似时，采用背景色相似菌统计。
5.黏连菌统计：适用于背景颜色单一、菌落颜色不*且边缘模糊的菌落快速统计。
6.分散菌统计：对边缘清晰，分散的菌落进行快速统计。
