全自动菌落计数系统数法被广泛应用于生物制品检验、食品以及饮料和水等的含菌指数或污染程度的检测。这种方法主要是将待测样品经适当稀释之后，其中的微生物充分分散成单个细胞，取一定量的稀释样液接种到平板上，经过培养，由每个单细胞生长繁殖而形成肉眼可见的菌落，即一个单菌落应代表原样品中的一个单细胞。这种方法的优势在于可以获得活菌的信息。
全自动菌落计数系统数系统数器通常用于标本中细菌数的检测，采用节能环形荧光灯侧射照明，菌落对比清楚。按照细菌计数检验规程规定，仪器显示器设计为三位数，当一只培养皿中菌落生长数超过300个时，应将检验样品稀释重作，以保证计数的准确性。
全自动菌落计数系统的使用方法：
（1）接通电源，拨动开关计数池内灯亮，显示屏显示“001”，将探笔插头插入仪器的插孔内，按下“复位”键调零使仪器进入工作状态。
（2）放入待检培养皿。
（3）用探笔在培养皿底面对所有的菌落逐个点数。每点一个应听到“嘟”声才说明有效，否则应重点。此时，点到的菌落被标上颜色，显示数字自动累加。
（4）用放大镜仔细检查，确认点数无遗漏，计数即已完毕。
（5）显示屏内的数字即为该培养皿的菌落数。
（6）记录数字后取出培养皿。按“复位”键，显示屏进入初始状态。
全自动菌落计数系统的注意事项：
仪器应放置在平整牢固的台面上使用。
点数菌落时，探笔不要过于倾斜，轻轻点下至有弹跳感时，数字即被输入。
全自动菌落计数系统应防潮、防剧烈震动、防直接日光曝晒、防酸碱侵蚀，用后应加防尘罩。
注意防止细菌培养物污染计数池。
仪器及探笔均不能随意拆卸
